Шаги сохраняются в настройках приложения на портале Bitrix24 (app.option), не на Node-сервере.
Для каждой воронки свой набор. Вкладка в сделке подхватывает конфиг по воронке сделки. Скриншоты по-прежнему загружаются на ваш сервер.
Перетаскивайте строки за ⋮⋮ для порядка. «+ между» вставляет шаг после строки.